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ご相談ありがとうございます。

大変失礼ながら・・・
契約書面を交わす前にそのような会社であることがわかって逆に良かったのではないでしょうか？
今までの打合せやその内容より自分の利益を優先して変更やキャンセルされたのでは、怖くて依頼できませんし契約できません。
また、私がプロデュースしていたら、その会社には１００％依頼しません。

ちょっと、内部事情を伝えすぎのようにも感じますが、その支店長自身は、一方的な契約変更と言うより、条件変更の申し出と考えている程度なのかもしれませんが・・・

ただ、注文住宅であるということは設計やプランから細かく打合せをしてきての積み上げ打と思われますが、トップダウンで簡単に覆されるような打合せだったのでしょうか？

恐らく違うと思います。
にもかかわらず、このような対応をするところは施工に関しても疑問を抱かざるを得ません。
家づくりは一生に一度の大事業です。
極力、嫌な思いはしたくありません。施工業者はその他多数のうちの一件かも知れませんが、本人にとっては、一生の我が家です。ケチの付く様なまねや想いは抱きたくないようにすべきだと考えています。
後々も、不安を感じるような会社とは、契約を見合わせることをお薦めします。

注文住宅でも建売でも、特に注意していただきたいのは、設計施工で建築した家は、中身が見えないことで、施工や出来上がった住宅に不安があるということです。

例えば、今まで建築士や営業の方と、設計プランや間取りについて協議、打合せを重ねてきたと思いますが、それが一言で覆されてしまうような状況の会社では、建築士の施工監理や品質管理が確実にできるのでしょうか？

欠陥住宅の多くは施工の監理や品質の管理ができないことで起こっていると、私は、考えています。
なぜ監理できないのか？
それは設計施工においては、あなたの立場や顧客の立場での専門家がいないことが原因だと考えています。あなた以外、設計も施工者もあなたと利害が反する人たちです。あなたの利益を守ってくれる専門家がいますか？
いい人だから・・・と人柄に期待するのは美しい姿勢ですが、その期待に何千万円もかけるというのはいかがでしょう？

私の所も、住宅プロデュースとして業務をしておりますが、個人的には現場を見てきたことを踏まえて、あなたの信頼できる建築士に設計と施工監理を依頼し、施工業者はその建築士と一緒に選んでいくと言う形の方が良いと思っています。

一般的に、建築士を別途に依頼すると費用が設計施工より掛るのではないかと考える方もいますが、では、今現在の見積もり金額自体の客観性は誰が判断するのでしょうか？

あなたの味方の建築士がいることで、設計単価を元にきちんと積算した内容の価格と比較できるのです。そして適正な施工金額になっていきます。その金額は結果として建築士を依頼するより、大きな利益をあなたにもたらしてくれると思います。

是非、ご自身で、探してみてください。
信頼できる建築士は、気に入った物件を探すのと同じくらい大事だと思っています。